Трудовой договор с генеральным директором существенно отличается от отношений с линейным персоналом (работниками организации). Трудовой кодекс РФ предусматривает особенное регулирование трудового договора, заключаемого с генеральным директором. Согласно ст.273 ТК РФ, генеральный директор (руководитель организации) это физическое лицо, которое осуществляет руководство этой организацией, в том числе выполняет функции ее единоличного исполнительного органа.

Работодателем по договору может являться только юридическое лицо. Очень часто заключению трудового договора предшествуют такие мероприятия, как избрание на должность либо участие и прохождение в конкурсе и в этих случаях в договоре нельзя включать условие об испытательном сроке (ст.70 ТК РФ). Если генеральный директор назначен на должность, договор может предусматривать испытательный срок до шести месяцев, вместо трех, как обычно. Трудовой договор с генеральным директором, обычно, заключается на определенный срок. Максимальный срок срочного договора - пять лет (ст.58 ТК РФ).

В договоре необходимо предусмотреть следующие условия: рамки компетенции, ответственности, соблюдения коммерческой тайны и размер заработной платы. Генеральный директор несет полную материальную ответственность за прямой действительный ущерб, причиненный организации, в соответствии со ст. 277 ТК РФ. Подписантом договора является собственник имущества организации (участник-учредитель) или уполномоченное на это лицо.